长江流域极危物种“鳤”高质量染色体水平基因组首次发布

IT之家 12 月 26 日消息，九江市农业科学院于 12 月 24 日发布博文，宣布以第一署名单位联合中山大学、江西省瑞昌长江四大家鱼原种场，首次完成并发布长江流域极危物种“鳤（IT之家备注读音：guǎn）”高质量染色体水平基因组。

鳤曾是我国重要的淡水经济鱼类，广泛分布于长江流域，然而，由于环境恶化和人类活动的影响，数量急剧下降，在《中国脊椎动物红色名录》和《中国生物多样性红色名录 — 脊椎动物卷》中均被列为极危（CR），2020 年 12 月在长江公安江段监测到了 7 尾鳤，是近年野外调查发现最多的一次，迫切需要对其开展保护。

鳤基因组信息的缺乏是保护工作的重大障碍之一，为进一步挖掘其种质资源特征，团队成员利用 PacBio 和 Hi-C 测序数据组装了鳤染色体级别的基因组，大小为 883.1 Mb，包含 24 条假染色体，Scaffold N50 长度为 35.1 Mb，配合转录组测序数据预测了 28674 个蛋白质编码基因，并已将组装和注释数据公布到 GenBank 和 Figshare 数据库。

论文共同通讯作者卢建国表示：“鳤基因组信息的首次发布对于理解遗传多样性、识别独特适应性以及制定有效的保护策略至关重要”。

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